De 1990 a 1993 fue vicepresidente del banco JSC Agroindustrial Bank Ukraina. En 1993 fue designado como supervisor del nuevo Banco Nacional de Ucrania (NBU), y en 1997 el Parlamento de Ucrania lo designa dirigente de este banco. Como banco central, Yushchenko logra detener la introducción de la nueva divisa nacional, el hryvnia, estableciendo un moderno sistema de regulaciones de la actividad bancaria en Ucrania. Como su gran logro le reconocen el detener la hiper-inflación de los años 90 y la fortaleza de las finanzas nacionales durante la crisis financiera de Rusia en 1998.
El hryvnya se estabilizó e hizo notar sus efectos beneficiosos sobre el conjunto de la economía ucraniana, acelerando el retroceso de la inflación, reduciendo las calificaciones de riesgo inversor, monetarizando un sistema caracterizado por el elevado número de transacciones basadas en el trueque, al tiempo que desdolarizándolo (en los años del karbovanets, el billete verde se había convertido en una moneda refugio), y haciendo aflorar la economía sumergida. El nombre de Yushchenko iba a quedar indeleblemente ligado a las repercusiones positivas del hryvnya.
Asimismo, la labor del gobernador del NBU fue coparticipativa también en la creación de un sistema relativamente eficiente de pagos de la deuda, en el desbloqueo del diálogo crediticio con el FMI, en la privatización del vasto patrimonio industrial y de la tierra, y en la adopción de medidas extraordinarias, como la subida de los tipos de interés, la ampliación de la banda de fluctuación del hryvnya con respecto al dólar y restricciones al cambio de divisas, que mitigaron el fortísimo impacto del hundimiento del rublo en 1998. Este conjunto de actuaciones convirtió a Yushchenko en un personaje estimado en los cenáculos financieros de Estados Unidos y Europa occidental, donde se ganó a pulso las consideraciones de monetarista ortodoxo y paladín del libre mercado. [1]
A raíz de su éxito en el Banco Central, Yushchenko fue considerado por la revista Global Finance uno de los máximos expertos financieros del mundo postsoviético.
