Baja Edad Media

Tras las invasiones de los mongoles ocurridas principalmente en el siglo XIII y la Peste Negra; en el siglo XIV el estado de Rutenia se desintegra en principados como Vladimir-Suzdal o la República de Nóvgorod que caen bajo la influencia del Imperio Mongol. Más tarde el Moscovia se hizo predominante en la zona tomando el control de la mayor parte de los principados del norte de Rus, comenzando a utilizarse de nuevo este término para denominar al nuevo estado.
Al ser Moscú un principado cristiano ortodoxo, tuvo escasos contactos con el papado y con la cultura latina, por lo que el término Rutenia fue poco utilizado. Los nativos utilizaron otras formas del término Rus para denominar su país y algunas de esas formas fueron llegando al mundo europeo de la época.

El Principado de Halych-Volynia, más al sur, cayo sin embargo bajo la influencia de los reinos de Polonia, de fe cristiana católica romana y Lituania, de fe cristiana católica oriental, por lo que el uso del término Rutenia se mantuvo en este principado. Puede apreciarse por ejemplo, en la proclama de Danylo, un príncipe local, como Rey de Rutenia. Este término se extendió también a otros idiomas no latinos, como el inglés.

Territorios del sur que se incluían en Rutenia, nombres en polaco:

* Ruś Halicko-Wołyńska — Halych-Volynia
* Ruś Halicka — Halych
* Ruś Biała — Rutenia Blanca, Rusia Blanca or Bielorrusia
* Ruś Czarna — Rutenia Negra, parte de la actual Bielorrusia
* Ruś Czerwona — Rutenia Roja, estrecha franja de Polonia (Przemysl) y la parte oeste de Ucrania (Galitzia), llamado en polaco Voivodato de Subcarpacia.
* Ruś Podkarpacka — Rutenia Transcarpática